يشمل هذا الملف شبهات حول النظم الحضارية في الإسلام وردودًا عليها، وقد تمحورت قضايا هذا الملف في مناحٍ عدة، منها علاقة الإسلام بالسياسة، ومدى قابلية النظام الإسلامي للتطبيق في واقع الحياة، وعلاقة الإسلام بالعلم والفن، ومحورية دوره في تاريخ المسلمين الحضاري، ومدى إمكانية توافقه مع معطيات المدنية الحديثة.