تقع مدينة كوماموتو على الساحل الشمالي الغربي لجزيرة هنشو أكبر جزر اليابان، وتطل على بحر اليابان.
ومسجد كوماموتو هو أول مركز إسلامي في كوماموتو (باليابانية: 熊本イスラムセンタ).
وهو عبارة عن مسجد ومركز إسلامي معاً.
ومعظم المشاركين في الأنشطة الدينية في المركز هم من الطلاب الأجانب والباحثين ورجال الأعمال والعمال.
والمركز يعتمد في الغالب على التبرعات لإدارة أنشطته، بالإضافة لامتلاكه عدة غرف في الطابق الثالث يستحدمها للإيجار ومواردها تذهب لصندوق المسجد، ويتم تشغيل المركز من قبل أفراد من جماعة كوماموتو الإسلامية.

المشاريع

- تدريس الطلاب المسلمين وتوعية العمالة المتوفرة في المنطقة. - تقديم دروس الفقه والحديث للمسلمين. - تقديم الشورى للمسلمين في عدة مجالات. - نشر المواد الدعوية الإسلامية باللغةاليابانية.