هو هيئة اعتبارية قانونية مستقلة بدأت نواته في عام 1965م، حيث افتتح مقراً مؤجراً، وأغلق بعد ستة أشهر، ثم أعيد تشكيله باسم المركز الإسلامي الدولي في مارس عام 1966م، ولم يكن له مقر، وظل يعمل بين مد وجزر إلى أن أعيد تشكيله عام 1974م على أساس أمتن، وأصبح اسمه "المركز الإسلامي في اليابان" وحصل على اعتراف من الحكومة اليابانية كمنظمة دينية قانونية.
وقد تم تسجيله لدى الدوائر الحكومية ذات العلاقة في عام 1980م، ويعتبر الدكتور صالح مهدي السامرائي رئيس المركز. 
الموقع الرسمي: https://islamcenter.or.jp/
فيسبوك: https://www.facebook.com/islam.japan/

المشاريع

الدعوة : دعوة الغير المسلمين من اليابانيين والاهتمام بالمسلمين الجدد. النشر – المطبوعات - : نشر تعاليم الإسلام الحنيف و نشر المطبوعات و الكتب الإسلامية. النسيق و التعليم : تنسيق مع الحكومة اليابانية حول شؤون المسلمين فيها و تعليم المسلمين أمور دينهم.