إن الشبهات حول صحيح الإمام البخاري قد كثرت وانتشرت بين أيدي الناس بسبب وسائل الاتصال الحديثة، حيث وزع المؤلف تلك الشبهات إلى مجموعات، المجموعة الأولى: شبهات مثارة حول الإمام البخاري، ثم شبهات مثارة حول تصنيف الصحيح ورواياته، ثم شبهات مثارة حول أحاديث الصحيح وحجيتها، ثم شبهات مثارة على الرواة في الصحيح، ثم شبهات مثارة على وقوع التعارض بين أحاديث الصحيح وبين غيرها، وبذلك ختم الكتاب.