المركز الإسلامي في اليابان هيئة اعتبارية قانونية مستقلة بدأت نواته في عام 1965م حيث افتتح مقرا مؤجراً, أغلق بعد ستة أشهر ثم أعيد تشكيله باسم المركز الإسلامي الدولي في مارس ( آذار ) عام 1966م ولم يكن له مقر, وظل يعمل بين مد وجزر إلى أن أعيد تشكيله عام 1974م على أساس أمتن ، وأصبح إسمه “المركز الإسلامي في اليابان” و حصل على إعتراف من الحكومة اليابانية كمنظمة دينية قانونية ( وهو أصعب أمر في اليابان ) وتم تسجيله لدى الدوائر الحكومية ذات العلاقة في عام 1980م.