مسجد السلطان أبي بكر هو مسجد يقع في ولاية جوهور في ماليزيا، يقع على طول جالان سكوداي في مدينة جوهر بهرو، وقد تم بناؤه بين (1892 - 1900) وذلك بتوجيه من السلطان أبي بكر.
كان المهندس توان حاجي محمد عارف بن بوناك هو المهندس المعماري للمسجد، وقد تأثر في بنائه بمظاهر العمارة الإنجليزية وبالتحديد بفن العمارة الفكتورية، كما يلاحظ أن أبراج المباني تأخذ شكل برج الساعة البريطاني في القرن التاسع عشر الميلادي.
والهندسة المعمارية للمسجد تشمل إضافة بعض العناصر المعمارية المغاربية إلى جانب بعض العناصر من فن العمارة المالاوية، وقد بني على قمة تلة بارزة وهو يطل على مضيق جوهور، وهو يستوعب 2000 مصل في وقت واحد.