مسجد مدينة كوتا كينابالو هو ثاني مسجد رئيسي في كوتا كينابالو بماليزيا، بعد مسجد الدولة في سيمبولان.
بدأت الاستعدادات لبناء المسجد في عام 1989، وبدأ تركيب ركائز الأساس عام 1992. ثم تأخر البناء بين عامي 1993 و 1994 بسبب نقص الدعم.
وقد افتتح المسجد في 2 فبراير 2000.
وترتكز أجزاء من التصميم المعماري للمسجد على مشابهة بناء المسجد النبوي في المدينة المنورة.