يقع مسجد المدينة المنورة في حي أتاشهير في القسم الآسيوي من إسطنبول، وقد بدأ بناؤه عام 1989، وافتتح لأول مرة عام 1991.
وقد تعرض المسجد لحريق كبير عام 2008، ثم تم إعادة بنائه عام 2009 من قبل أحمد بوزدمير، الذي كان رئيسًا لجمعية مسجد المدينة لمدة 22 عامًا، وتم الانتهاء من بنائه وأعيد افتتاحه في عام 2013.