يتميز جامع قرطبة الكبير بخصائص معمارية وتاريخية ورمزية كثيرة، وقد كان موقع الجامع في عصر الرومان معبداً وثنياً، تحول إلى كنيسة قبل الفتح الإسلامي، وفي القرن الثامن اشتراه الخليفة الأموي عبدالرحمن الداخل، وبنى الجامع الكبير في مكانه، ثم ظل العمل فيه مستمرًّا لتوسعته وزيادته لمدة قرنين ونصف القرن، وبعد أن سقطت قرطبة حوله الإسبان إلى كاتدرائية، ولكن أهل قرطبة اختاروا دائماً كلمة "مسكيتا" التي تعني المسجد بالإسبانية، للدلالة على هذا المكان، فهو الجامع والمسجد بالنسبة للعامة، بغض النظر عن أي مسميات أخرى.
ومن الأحداث المتعلقة بهذا المسجد:

• في سنة 400هـ: تعرض المسجد للنهب، بعد أن ترك الناس قرطبة، نتيجة القتال الذي نشب بين محمد المهدي وبين سليمان بن الحكم.
• في سنة 633هـ / 1236م: اجتاح قساوسة قرطبة ما فيها من مساجد وقصور.
• في 29 يناير 1236، استولى فرناندو الثالث إل سانتو على مدينة قرطبة، كما تم تخصيص المسجد الكبير، في السنة نفسها، لممارسة الطقوس النصرانية، فأدخلت عليه عدة تعديلات وتغييرات، وابتداءً من القرن السادس عشر، بوشر في بناء كاتدرائية داخل المسجد.