يقع مسجد النيلين في أم درمان بالسودان، على الضفاف الغربية لنهر النيل، عند التقاء النيلين، وقد تم بناؤه في سبعينيات القرن الماضي، ومنذ ذلك الحين لا يزال واحداً من المعالم الإسلامية المميزة في هذه البلاد.
وقد تم افتتاح المسجد يوم الجمعة 3 محرم 1405هـ/ 24 سبتمبر 1984.
وقد خصصت لهذا المسجد مساحة تقدر بـ: 12 ألف متر مربع، اما مساحة البناء فهي: 2500 متر مربع.