شيد هذا الجامع، الذي يقع على ضفة نهر الباني في مدينة جينيه، أول ما شيد في القرن الثالث عشر، لكن الصرح الذي يرى اليوم يعود تاريخه إلى عام 1907، أما المسجد الأصلي فقد بناه الملك كوي كونبورو عام 1240 في موقع قصر عامر قبل أن تصبح جينيه عاصمة لامبراطورية مالي، وعندما تولى الغازي المسلم أمادو لوبو مقاليد الأمور في المنطقة عام 1834 أمر بهدمه باعتباره بهرجًا وترفًا.. ثم أعيد بناؤه على غرار التصميم الأصلي عام 1896، لكنه هدم عام 1906 لإعادة تشييده مجدداً على هيئته التي ترى اليوم والتي أكملت في الفترة بين 1907 و1909.
وقد كان المسجد الأصلي أحد أكبر المراكز التعليمية في القارة السمراء خلال القرون الوسطى، وكانت جينيه نفسها تجتذب من مختلف البقاع آلاف الطلاب الساعين لدراسة علوم القرآن والفقه في مدارس المدينة المتعددة، ورغم أن مالي تضم مساجد أقدم من مسجد جينيه الكبير، لكن يظل هذا الأخير أبرز الرموز وأهم المعالم، ليس بالنسبة لجينيه ولمالي فحسب، وإنما للتراث المعماري في إفريقيا ككل.