قسم المؤلف هذا الكتاب قسمين:
يتناول القسم الأول منه موقف الإلحاد من الطبيعة والعلم الطبيعي ، ذلك الموقف الذي يعده الملحد دستورًا لإلحاده، وفرقانًا يعرف به عن حاله، أبين في هذا القسم تناقض الملحد في علاقته بالطبيعة، والعداء الذي بينه وبينها وإن زعم أنها أمه، وقد وقع ذلك في أربع مقالات، تبدأ بمقال ((أمنا الطبيعة .. أليس كذلك؟)) وتنتهي بمقال ((أفتني)).
ثم أعقب المؤلف بنقض موقف الملحد من العلم الطبيعي في اثنتي عشرة مقالة، نقضًا مصحوبًا ببيان طريقة العلم الطبيعي، متبوعًا ببيان أن علاقة الملحد بالعلم الطبيعي علاقة نفسية روحانية، وليست علاقة علمية كما يدعي ويزعم.
والأفكار الرئيسة التي تناول المؤلف نقضها في علاقة الملحد بالعلم الطبيعي تتلخص في بيان اشتمال العلم الطبيعي على الغيبيات والمسلمات والقضايا الفلسفية على عكس ما يتوهمه الملحد وسماه المؤلف ((التوهم))، ثم بيان الدور الذي يلعبه العنصر البشري في طريقة العلم الطبيعي وسماه ((ثقة غير متبادلة))، يعقب ذلك مقال عن معنى الإجماع في العلم الطبيعي ومباحثه، وحجيته وكيفية الوقوف عليه والفرق بينه وبين الإجماع في الشرع، وسميت هذا المقال ((واجمعوا..))، يتلو ذلك مقال يبين القصور الذاتي الملازم للعلم الطبيعي وعدم كفايته وسماه المؤلف ((قاصر...))، ثم مقال عن معنى النظرية العلمية وقيمتها وصفاتها مع تطبيقات على بعض النظريات التي يكثر الملحدون من الاستدلال بها وسماه المؤلف ((نظرية..))، وآخر الأفكار كانت بخصوص الفرق بين العلم الطبيعي والمذهب الطبيعي المادي، والفرق بين دائرة الدين ودائرة العلم الطبيعي، وحقيقة العلاقة بين هاتين الدائرتين، وقواعد درء التعارض بين النصوص الشرعية والعلم الطبيعي، مع تطبيق على بعض الأمثلة المشتهرة على ألسنة الملحدين، وسماه المؤلف ((الدائرتان)) ويعقب كل مقال من هذه المقالات الستة مقال يتناول العلاقة النفسية بين الملحد والعلم الطبيعي، ((الخندق)) بعد ((التوهم))، و((بمكيالين)) بعد (ثقة غير متبادلة)) و((نفس خائنة)) بعد ((وأجمعوا..)) و((تناقض)) بع ((قاصر))، و((علاقة عاطفية)) بعد ((نظرية))، و((علم بلا عمل)) بع ((الدائرتان)).
أما القسم الثاني من الكتاب فهو يعرض موقف الإلحاد من الموت والانتحار، والمعنى من الوجود والغاية من الحياة، يتناول البؤس الذي ينبغي أن يملأ حياة الملحد، والخواء الذي يستشعره في شأنه كله، والموت الذي يجب أن ينغص عليه الالتذاذ بحياته، والانتحار المستساغ في فلسفة إلحاده، وقد وقع ذلك القسم في أربع عشرة مقالة، وطريقتي في هذه المقالات أنها ازواج، مقالة يطغى عليها الأسلوب العلمي يكثر فيها التقرير والاستشهاد، تعقبها مقالة يغلبها الطابع الأدبي، وكذلك في المقالات التي تتناول الموقف من الطبيعة والعلم الطبيعي، حيث بدأ المؤلف بمقالة يكثر فيها التفصيل والتقرير والاستشهاد وبيان طريقة العلم الطبيعي ونقض موقف الملحد منها، ثم ثنى بمقالة تشبه مقالات الأدباء تتناول العلاقة النفيسة بين الملحد والعلم الطبيعي.
المستودع الدعوي الرقمي نسعى لتكوين أكبر مستودع معرفي ومعلوماتي للدعوة والدعاة حول العالم، من خلال توفير الملفات والتقارير والبيانات الخادمة للعاملين في الدعوة إلى الله.