الدكتور جعفر شيخ إدريس من أبرز المفكرين الإسلاميين في العصر الحديث الذين جمعوا بين الأصالة والمعاصرة. وبين الثبات والرسوخ في علوم العقيدة الإسلامية والفلسفة الغربية، والتمكن في اللغتين العربية والإنجليزية. يدعو إلى الأصالة في الدعوة إلى الإسلام على بصيرة واتباع، واعتزازٍ راسخ بالدين ومنهجه، ورفضٌ لتحريفه أو تفريغه من محتواه بدعاوى التجديد. كما يدعو لمعاصرةٌ واعية، لا تعني التنازل أو الذوبان، بل تعني وضع القيم الإسلامية في الأطر التي تقتضيها الحياة المعاصرة، والتمييز بين مقتضيات العصر وأهوائه. مقتضيات العصر التي لا تكون الأمة بغيرها أمة معاصرة قوية، مثل العلوم الطبيعية وما بني عليها من تقنية في شتى مجالات الحياة التعليمية والاقتصادية والعسكرية والإعلامية، وما اقتضاه هذا من تطوير للنظم الإدارية.
تنقل الشيخ بين مسقط رأسه السودان وبريطانيا والمملكة العربية السعودية وأمريكا. بالإضافة لزيارته للكثير من بلدان العالم الإسلامي مشاركا في مؤتمرات علمية ومحاضرات إسلامية دعوية. يتميز بتواضعه الجم وإنصافه في حق الحكام والمحكومين والأكاديميين. وله أثر بارز وتلاميذ في كل أنحاء العالم.
العمل والتدريس:
· قسم الفلسفة, جامعة الخرطوم.  1967 – 1973
· قسم الثقافة الإسلامية، كلية التربية، جامعة الرياض (الملك سعود حالياً )
· مركز البحوث بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية بالرياض
·قسم الدعوة، كلية الدعوة والإعلام، جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية
· قسم العقيدة والمذاهب المعاصرة، كلية أصول الدين، جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية
·وكان يدرس طلاب الدراسات العليا بالجامعة مواد العقيدة والمذاهب المعاصرة كما أشرف على الكثير من رسائل الماجستير والدكتوراه
· مدير قسم البحث بمعهد العلوم الإسلامية والعربية في أمريكا، التابع لجامعة الإمام ثم عمل مستشاراً للمعهد.
· تقاعد من جامعة الإمام سنة 1997م
· أسس الجامعة الأمريكية المفتوحة مع بعض الناشطين، ثم أصبح مديراً للهيئة التأسيسية للجامعة.
· عمل مستشاراً لعدد من المؤسسات والهيئات الإسلامية في أنحاء العالم بالإضافة إلى كونه عضو مجلس إدارة في العديد منها.
وهو صاحب حجة قوية في الكتابة والنقاش، وقد اهتدى وأسلم على يديه الكثير بعد توفيق الله سبحانه وتعالى، وأشرف على عشرات الرسائل العلمية لدرجتي الدكتوراة والماجستير.
· كتب مقالات كثيرة في الصحف السودانية كان من بينها باب أسبوعي في جريدة الميثاق الإسلامي بعنوان جنة الشوك ومقالات في مجلات إسلامية وأكاديمية باللغتين العربية والإنجليزية.
· كان يكتب زاوية شهرية بعنوان: الإسلام لعصرنا. بمجلة البيان إلى أن أقعده المرض سنة 2011م.
الكتب والبحوث:
من مؤلفاته باللغة العربية:

• الفيزياء ووجود الخالق.
• نظرات في منهج العمل الإسلامي
• الإسلام لعصرنا (أربعة كتب)
• صراع الحضارات بين عولمة غربية وبعث إسلامي
• مناهج التفكير الموصلة للحقائق الشرعية والكونية

وباللغة الإنجليزية:

• The Pillars of Faith
• Islamization: Its Philosophy & Methodology
• The Attributes of God

– بالإضافة إلى عدد قيم من البحوث باللغتين العربية والإنجليزية، لعل من أهمها بحوثه في “الرد على أوهام المادية الجدلية”. وهو أوَّل من كتب في موضوع أسلمة العلوم، حيث كتب رسالتين صغيرتين حول الموضوع تُعدُّ أساساً لكل من كتب بعده.  كما له بحوث في الرد على الفكر الغربي والمذاهب المعاصرة، وله بحوث عن التنظيمات الإسلامية المعاصرة.
– تتميز أكثر كتابات الشيخ جعفر بالإجمال ووضع القواعد العامَّة، ولذا جاءت جُلُّها في شكل رسائل صغيرة أو بحوث. وكل رسالة منها من الممكن أن تكون كتاباً أو مشروعاً لعدَّة كتب.
– الكثير من مقالات ومؤلفات الشيخ جعفر موجودة على موقعه بالإنترنت www.jaafaridris.com
مرض الشيخ:
في سنة 2011 وأثناء زيارته للرياض بالمملكة العربية السعودية، أصيب الشيخ جعفر بجلطة في الدماغ أثرت كثيراً على صحته، لم يتمكن بعدها من أنشطته المعتادة من قراءة وكتابة وإلقاء محاضرات والمشاركة في مؤتمرات كما كان سابقاً. 
وفاته:
توفي في العاصمة السعودية الرياض، صباح الجمعة 23/ 1/ 1447هـ - 18/ 7/ 2025م، رحمه الله.